El gobierno y administración de la Academia se articula a través de los siguientes órganos:

Colegiados:
Junta General o Pleno de la Academia.
Junta de Gobierno.
Comisiones.

Unipersonales:
Presidente.
Vicepresidente.
Secretario.
Vicesecretario.
Tesorero.
Vicetesorero.
Bibliotecario.

COMISIONES
Permanentes
Gobierno Interior.
Hacienda.
Admisiones.
Publicaciones.
Farmacopea.

Temporales: Nombradas para un fin determinado.

SECCIONES
Oficina de Farmacia y Farmacia Hospitalaria.
Historia, Legislación y Deontología Farmacéutica.
Farmacología, Toxicología y Farmacotecnia.
Análisis Clínicos.
Bioquímica Clínica y Microbiología, Radiofarmacia, Nutrición y Alimentación, y Bromatología.
Física, Química, Biología y Ciencias Afines.

ACADÉMICOS
Académicos Fundadores
Académicos de Honor
Académicos de Número
Académicos Eméritos
Académicos Honorarios
Académicos Ilustrados
Académicos Correspondientes
Académicos Protectores