El gobierno y administración de la Academia se articula a través de los siguientes órganos:

Colegiados:

• Junta General o Pleno de la Academia.
• Junta de Gobierno.
• Comisiones.

Unipersonales:

• Presidente.
• Vicepresidente.
• Secretario.
• Vicesecretario.
• Tesorero.
• Vicetesorero.
• Bibliotecario.

COMISIONES

• Permanentes
• Gobierno Interior.
• Admisiones.
• Publicaciones.
• Farmacopea.
• Temporales: Nombradas para un fin determinado.

SECCIONES

• Oficina de Farmacia y Farmacia Hospitalaria.
• Historia, Legislación y Deontología Farmacéutica.
• Farmacología, Toxicología y Farmacotecnia.
• Diagnóstico Clínico (Análisis Clínicos, Bioquímica Clínica, Genética,  Inmunología y Microbiología)
• Nutrición, Alimentación y Bromatología.
• Física, Química, Biología, Salud Pública y Ciencias Afines

ACADÉMICOS

• Académicos Fundadores
• Académicos de Honor
• Académicos de Número
• Académicos Eméritos
• Académicos Honorarios
• Académicos Ilustrados
• Académicos Correspondientes
• Académicos Protectores